Contribution de logiciels

Cette page répertorie les logiciels qui supportent les produits CED. Ils ont été développés et contribués publiquement par des personnes en dehors de CED. Les droits d'auteur des ces logiciels en général appartiennent donc à ces personnes. Ces logiciels sont fournis en l'état et les développeurs déclinent toute responsabilité, quelle qu'elle soit, quant aux conséquences de leur utilisation. CED fournit cette page et les liens avec les logiciels à titre de service pour ses utilisateurs. Pour y contribuer, veuillez nous en parler.

Use 1401 de LabVIEW
Use 1902 de LabVIEW
Interface entre Matlab et le 1401
Bibliothèque MATLAB SON
Bibliothèque MATLAB CFS
Outils de neuroscience pour MATLAB
Utilisation du 1401 sous VB.NET 1.1
Conversion des fichiers CFS à importer dans Excel
Convertir les fichiers HPGL .plt en un format de métafichier
John Dempster Strathclyde SES
Théorie de l'information pour l'analyse spike : interLab
Discriminateur de pointes multi-mode : LabSpike
Lecture des fichiers Spike2 (SON) dans Python

Use 1401 de LabVIEW
Ces fichiers permettent aux utilisateurs de LabVIEW d'interfacer le CED 1401 via la CED Windows Library (bibliothèque): USE1432.DLL. Ils fournissent les appels de fonction répertoriés dans la bibliothèque d'interface de programmateur CED pour Windows comme LabVIEW vi's dans 1401.llb, ainsi que les programmes de test LabVIEW dans Test1401.llb et la documentation Word dans Lv1432.doc. Les fonctions sont écrites pour Windows 95/98 et NT.

Téléchargez maintenant le fichier à auto-extension (203,728).

Prof E F Evans,
Dept of Communication and Neuroscience, Keele University, Keele, Staffs ST5 5BG, UK
Tel +44 (0)1782 583054
email:- coa18(à)keele.ac.uk

Use 1902 de LabVIEW
Il s'agit d'un ensemble de VI permettant d'interfacer l'amplificateur 1902 à LabVIEW.
Les VI sont de type LabVIEW 6.1 et ne pourront pas être exécutés sous les versions plus anciennes de LabVIEW.

Transférez le fichier 1902.txt (2 k) ou une archive pkzip (210 Ko) de tous les fichiers.

Tim Pragnell,
Dept of Physiology, Parks Road, Oxford OX1 3PT
email: tim.pragnell(à)physiol.ox.ac.uk

Interface entre Matlab et le 1401
"Matced" est une interface qui permet au Matlab de contrôler directement le système d'acquisition de données 1401 de CED. Elle permet de créer un puissant environnement informatique frontal pour traiter et tracer les données échantillonnées par le CED. En outre, le CED-1401 peut être programmé au moyen des fichiers M de Matlab. En alliant Matced à l'interface graphique utilisateur de Matlab (uicontrol), il est facile de développer une application Windows complète au moyen des fichiers M.

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
email: dario(à)ucla.edu

Version à 32 bits
Jim Colebatch a eu l'obligeance de convertir le travail ci-dessus dans une version à 32 bits réclamée par les versions modernes de Matlab. Téléchargez 28,372 octets, qui décompressera avec WinZip pour vous donner les fichiers matced32.dll, use1432.dll, matced32.c, matced32.m, mat1401.m et mat1401X.m, qui sont de simples programmes-exemples permettant d'illustrer les améliorations apportées dans la version 04. Dans la dernière révision, il est précisé :

Le DLL inclut une option permettant d’appeler U14WorkingSet, et les sous-routines comportant des erreurs retournent désormais systématiquement le code d’erreur.

Jim a également proposé une IUG Matlab permettant d’utiliser le 1401 : matgui.zip, 47,426 octets. Celle-ci fonctionne avec les versions 6.5.1, 7.0 et 7.1 (au moins) et permet une collecte de données simples directement dans Matlab. Elle utilise son MATCED32.DLL (cf. ci-dessus).

Le code illustre un certain nombre de fonctionnalités de l’IUG Matlab, notamment la façon dont les variables sont sauvegardées et peuvent être transférées d’une fenêtre à l’autre.

Bibliothèque MATLAB SON
Télécharger MATLAB SON LIBRARY qui contient des routines permettant de charger/écrire/créer des fichiers Spike2 pour Windows dans MATLAB, à l’adresse depuis le site sigTOOL de Malcolm : http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London SE1 1UL
email: malcolm.lidierth(à)kcl.ac.uk

Bibliothèque MATLAB CFS
Téléchargez le zip bibliothèque MATLAB CFS (37,418), qui contient des routines dédiées de chargement/écriture/création de fichiers Signal dans MATLAB.

Jim a testé ces fichiers avec Matlab 6.5.1 et plusieurs versions de Matlab 7 jusqu’à R2007a (Matlab 7.5). Toutes semblaient fonctionner correctement. Les fichiers d’assistance décrivent la manière dont vous pouvez utiliser les appels et proposent plusieurs exemples de fichier m. Tous ces éléments se trouvent dans le fichier zip, mis à jour le 4 Février 2010.

Jim Colebatch
Institute of Neurological Sciences
The Prince of Wales Hospital
Randwick
Australia
Tel (Int)+ 61 2 9399 0111
email: J.Colebatch(à)unsw.edu.au

Outils de neuroscience pour MATLAB

sigTOOL propose un environnement de programmation et d’analyse dédié au traitement des données de neuroscience. Une interface graphique fournit à l’utilisateur une application autonome pour effectuer des analyses de formes d’onde et de trains d’impulsions dans cet environnement. Des extensions écrites par l’utilisateur peuvent être ajoutées à l’interface au fil de l’eau, sans nécessiter de modification du code existant. Les formats de fichier Spike2 et Signal sont inclus dans la sélection d’importation. Cliquez ici pour en savoir plus.

Télécharger matced32.zip 38 550 octets (le fichier sera décompressé par WinZip pour donner matced32.c).

Dans la dernière révision, il est précisé :

Le DLL inclut une option permettant d’appeler U14WorkingSet, et les sous-routines comportant des erreurs retournent désormais systématiquement le code d’erreur.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London SE1 1UL
email: malcolm.lidierth(at)kcl.ac.uk

Utilisation du 1401 sous VB.NET 1.1
Les fichiers CEDVB02Net.zip (62,035) et u1432class.zip (16,066) sont des enveloppeurs conçus pour use1432.dll et certains codes exemples (tous deux compatibles VB.NET).

Jim Colebatch
Institute of Neurological Sciences
The Prince of Wales Hospital
Randwick
Australia
Tel (Int)+ 61 2 9399 0111
email: J.Colebatch(at)unsw.edu.au

Conversion des fichiers CFS à importer dans Excel
Le programme CFS2EXCEL permet de convertir des fichiers de données CFS, venant généralement de SIGAVG ou CHART, dans un format pouvant être importé dans Excel. Il ne fonctionne que sur les fichiers CFS contenant des données entières également réparties, comme les fichiers SIGAVG standard.

Lisez la description complète à partir de laquelle vous pouvez transférer les fichiers dans un format à décompression automatique ( 31KKo).

Sean Kelly
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle NE1 4LP
Tel (0191) 2023007 R.V.I. 43007 Fax 2023003
email: sean.kelly(à)newcastle.ac.uk

Convertir les fichiers HPGL .plt en un format de métafichier
Le programme HPGLLoad.exe (345K) sert à convertir les fichiers HPGL .plt (généralement depuis SIGAVG) en un format de métafichier amélioré permettant une utilisation directe, par exemple dans un document Word.

Jim Colebatch
Institute of Neurological Sciences
The Prince of Wales Hospital
Randwick
Australia
Tel (Int)+ 61 2 9399 0111
email: J.Colebatch(à)unsw.edu.au

John Dempster Strathclyde SES
The Strathclyde Electrophysiology Software ne contribue PAS à ce site, mais il constitue une suite de programmes très largement utilisée pour l'enregistrement et l'analyse de signaux à partir d'expériences d'électrophysiologie intracellulaire et pouvant être utilisée avec des appareils de la famille CED 1401.

Théorie de l'information pour l'analyse spike : interLab
Comme l'écrit Gary Bhumbra : Nous avons mis au point une méthode pour la théorie de l'information relativement à l'analyse « spike » sur les intervalles entre pointes (pour plus de détails, voir J Physiol. 2004 Feb 15;555(Pt 1):281-96). Notre méthode introduit deux mesures utiles pour l'analyse des pointes. L'entropie de la distribution de l'intervalle des fichiers de consignation mesure la capacité de codage de chaque pointe et les informations réciproques entre intervalles adjacents quantifient les configurations. Autrement dit, les informations réciproques sont une mesure de la « sporadicité », ou quantifient la réalisation de motifs à pointe au-delà de niveaux aléatoires.

Nous avons maintenant modularisé cette méthode en un progiciel (appelé interLab), écrit en MATLAB 6.1, traduit en C++, et élaboré avec Borland C++ Builder 6.0. Il permet de lire les canaux à fichier Spike 2 (tout au moins jusqu'à la version 4) appelant des fonctions écrites par Malcolm Liddierth (que nous reconnaissons et dont les fonctions sont déjà disponibles dans notre site Web). On peut accéder à notre progiciel par un lien avec notre ftp, à l'adresse suivante : www.pdn.cam.ac.uk/staff/dyball/interlab.html.

Gary Bhumbra & Richard Dyball
Department of Anatomy
Downing Street
Cambridge CB2 3DY
Tel +44 (0)1223 333 750
email: bhumbra(à)gmail.com

Discriminateur de pointes multi-mode : LabSpike
LabSpike est un discriminateur de pointes qui associe différentes méthodes de discrimination. Il peut lire les fichiers Spike2 (nous l’avons testé jusqu’à la version 4.0) et produire en sortie un fichier binaire ou texte, pouvant être directement ré-importé vers un fichier Spike2 (ceci avec les versions 4 et ultérieures de Spike2).

Comme Spike 2 version 5, il est capable de prendre en charge des analyses en composantes principales, mais il intègre en plus d’autres aspects de la forme telles que le FFT. Bien d’autres fonctionnalités encore permettent d’assister la discrimination, notamment une IUG dédiée aux besoins spécifiques de la discrimination.

S’agissant d’un programme prototype, la version proposée est une version alpha. Nous n’avons pas rédigé de manuel, de pages d’aide ou d’infobulles, mais son mode de fonctionnement devrait être rapidement assimilable avec un peu d’expérimentation (et en utilisant le bouton droit de la souris !). Le fichier est disponible sur la page Web : http://www.pdn.cam.ac.uk/staff/dyball/labspike.html

Vous trouverez des détails de méthode dans la publication suivante : G.S. Bhumbra, A.N. Inyushkin, et R.E.J. Dyball (2004) : 'Assessment of spike activity in the supraoptic nucleus. Review.' J. Neuroendocrinol. 16:390-397. Tous relevés de bogue, commentaires ou suggestions fortement appréciés !

Gary Bhumbra & Richard Dyball – Cf détails ci-dessus

Lecture des fichiers Spike2 (SON) dans Python
Bibliotheque SON pour PYTHON ( 20Kk)

Pour la lecture de données à partir des fichiers Spike2 SON de CED.

Basé sur SON Library 2.0 pour MATLAB, écrit par Malcolm Lidierth du King's College, Londres. Consulter la page Web http://sigtool.sourceforge.net

Utilisation de la bibliothèque
Pour de plus amples détails, lire le fichier __init__.py, ou taper ceci dans Python (après avoir placé le répertoire sonpy dans votre chemin de recherche Python) :

>>> from sonpy import son
>>> help(son)

Antonio Gonzalez
Department of Neuroscience
Karolinska Institutet
Stockholm
Sweden

email: Antonio.Gonzalez(at)ki.se

http://www.neuro.ki.se/broberger/

11/07