Fiche technique Spike2 sous Windows version 6

Présentation du système

Spike2 est le système d’acquisition de données préféré de milliers de chercheurs dans le monde. Qu’il s’agisse d’une simple capture de données ou d’un système complet de contrôle expérimental, d’enregistrement et d’analyse, Spike2 offre de nombreux avantages par rapport aux autres systèmes d’acquisition de données.

Spike2 est très simple d’utilisation en tant qu’instrument généraliste de capture et d’analyse. Vous n’avez pas besoin d’exporter les données vers un autre programme pour mener une analyse détaillée ou d’acheter des modules complémentaires pour effectuer des tâches spécifiques.
Spike2 offre la puissance et la flexibilité exigées par les applications exigeantes pour lesquelles des équipements plus spécialisés sont normalement indispensables, par exemple l’enregistrement par multi-électrode extracellulaire ou la synchronisation et la génération de stimuli complexes.
Spike2 est doté des fonctionnalités d’échantillonnage et d’analyse requises par la majorité des chercheurs. Il propose par ailleurs un langage de script intégré permettant d’automatiser les tâches répétitives, ainsi que de nombreux autres outils pour les chercheurs qui préfèrent écrire leurs propres applications.
Spike2 est capable d’importer des données enregistrées par de nombreux autres systèmes ; vous pouvez donc mettre à profit ce logiciel extrêmement versatile pour analyser vos données existantes.
Spike2 est capable d’exporter des données sous forme de feuille de calcul, ainsi qu’en fichiers texte ou binaires. Des formats d’exportation supplémentaires sont également prévus.

Fonctionnalités

Naviguez parmi vos données de manière simple et rapide avec l’interface utilisateur intuitive ; zoomez et déplacez par glissement avec votre souris ou votre clavier
Enregistrez des types de données multiples, notamment les formes d’onde, les temps d’événement, les marqueurs codés, et les données de pointe discriminées à unité simple ou multiple en temps réel
Générez des protocoles simple et complexes de sorties de forme d’onde et TTL
Détectez manuellement ou automatiquement les caractéristiques et effectuez des mesures sur la base de données déclenchées et cycliques telles que les signaux cardiovasculaires
Analysez des canaux multiples de données de forme d’onde et d’événement, en ligne comme hors ligne
Traitez vos données au moyen de fonctions telles que : filtrage, rectification, interpolation et arithmétique inter-canal
Affichez et exportez des images comme vous le souhaitez grâce à des options d’affichage très versatiles, avec notamment : mise à jour déclenchée et fenêtres dupliquées avec axes temporels indépendants
Enregistrez de très grands nombres de canaux en synchronisant plusieurs CED 1401, ceci sans la moindre dérive de synchronisation
Personnalisez le programme grâce au langage de script intégré, dont les possibilités de contrôle vont de la simple automatisation à l’ajout de fonctions d’analyse extrêmement complexes

Acquisition au moyen d’un CED1401

Fréquences d’échantillonnage indépendantes pour chaque canal
Capturez et classez l’activité de pointe d’une ou plusieurs unités en temps réel
Modes d’enregistrement : continu, programmé et déclenché
Enregistrez des données multimédia (son et vidéo), synchronisées sur les données Spike2
Sauvegardez jusqu’à 8 canaux de données d’événement, avec une résolution temporelle réglable à la microseconde près
Tenez un journal des entrées numériques 8 bits avec un code temporel d’une grande précision
Annotez les enregistrements de données avec du texte et des marqueurs clavier
Passez rapidement d’une configuration expérimentale à l’autre au moyen d’un simple clic de souris
Etalonnez les formes d’onde avec plusieurs méthodes au choix, notamment : valeurs, aires, pentes
Sauvegardez et séquencez automatiquement des fichiers multiples avec option de déclenchement par gâchette
Récupérez vos fichiers de données en cas d’arrêt système non commandé

Affichage

Visionnez simultanément des fichiers multiples, ceci même en cours d’échantillonnage
Naviguez au sein des fichiers de données grâce à des panoramiques et zooms simplement effectués avec la souris, à des déplacements d’axe par glissement, à une barre de défilement et à un contrôle clavier
Affichez les événements, pointes et marqueurs en tant que temps, taux et fréquences moyennes et instantanées ; les pointes discriminées peuvent être surtracées
Utilisez des canaux dupliqués pour afficher les données de différentes manières et montrer les marqueurs sélectionnés et les pointes discriminées de façon séparée
Dessinez des formes d’onde avec, en option, une interpolation linéaire et par splines cubiques, ou bien encore sous forme de sonogrammes avec des échelles de couleurs prédéfinies ou définies par l’utilisateur
Dessinez des données de type marqueur en mode State pour le marquage conditionnel. Les canaux Textmark (notes textuelles) peuvent également afficher le texte sauvegardé dans l’aire de canal
Définissez des couleurs indépendantes pour les données et le fond de chaque canal
Organisez l’espace et l’ordre verticaux des canaux affichés, avec notamment une option permettant de superposer des canaux multiples
Etendez votre zone d’affichage grâce à un support multi-moniteur intégré

Contrôle expérimental et séquencement de stimuli

Le séquenceur de sortie Spike2 peut effectuer un contrôle expérimental complexe et des protocoles de séquencement de stimuli pendant la capture de données, ceci en utilisant jusqu’à 16 sorties TTL et 8 sorties de forme d’onde. La synchronisation est très précise, étant contrôlée au niveau de l’interface CED 1401, et non pas de l’ordinateur hôte.

Les protocoles de sortie peuvent être définis de deux manières. Un éditeur graphique fournit toutes les fonctionnalités requises par la majorité des utilisateurs, leur permettant de créer des ensembles multiples de sorties d’impulsion, notamment impulsions carrées, ondes sinusoïdales et rampes, ainsi que des formes d’onde préenregistrées ou définies par l’utilisateur. Pour les applications plus exigeantes, un éditeur de texte est disponible et vous permet d’éditer directement les étapes du séquenceur. Ceci permet de contrôler la séquence de façon interactive par l’intermédiaire du langage de script et grâce à l’utilisation de variables et tableaux.

L'accès en temps réel du séquenceur aux données d'événements et de forme d'onde reçues assure des réponses très rapides aux changements de niveau de forme d’onde et aux détections d’événements.

Détection et classement de pointes

Spike2 identifie et classe l’activité de pointe d’une ou plusieurs unités, ceci en ligne comme hors ligne. Il peut marquer des événements à l’aide de franchissements de seuil simples ou classer jusqu’à 32 canaux en ligne, avec reconnaissance de gabarits de forme de pointe d’ondes complètes.

Pour les enregistrements à unités multiples, Spike2 intègre des outils permettent de classer les pointes selon leurs formes. Tous les événements franchissant un seuil donné sont capturés. Les pointes sont ensuite classées en différents groupes en associant l’appariement de gabarits et la découpe de grappes, basée sur l’analyse en composantes principales ou sur des mesures définies par l’utilisateur.

Dans le système d’appariement de gabarits, les gabarits peuvent être fixes ou suivre les formes de pointe changeantes. Les gabarits peuvent être créés automatiquement ou par sélection manuelle de pointes individuelles.

Les méthodes de découpe de grappes permettent de représenter les valeurs mesurées en une vue 3D ; il est ainsi possible de les visionner en rotation tridimensionnelle et de les relire de manière à suivre l’évolution des pointes dans le temps. Les grappes sont formées par des algorithmes automatiques ou par placement manuel d’ellipses. Les fonctionnalités interactives incluent les INTH pour les classes de grappe en cours, le suivi dans le temps, et la sélection de pointes individuelles par clic de souris sur leur point au sein de la grappe.

Langage de script

Des parfaits débutants aux programmeurs les plus expérimentés, tout le monde peut bénéficier du langage de script intégré de Spike2. Rien qu’une simple automatisation de tâches répétitives avec des paramètres connus peut faire gagner des heures, voire des jours, d’analyse laborieuse. Les applications avancées incluent la mise en place d’un contrôle expérimental complet, avec application en ligne d’algorithmes originaux sur les données échantillonnées en temps réel.

Non seulement le langage de script relie entre elles les fonctionnalités de Spike2, mais il vous permet en plus de générer votre propre interface et de concevoir vos algorithmes. Une fonction simple de macro enregistrement fournit un point de départ très pratique pour les nouveaux scripts. Le langage de script inclut également des outils de manipulation de données tels que les tableaux multidimensionnels et les fonctions matricielles.

CED gère une bibliothèque de scripts adaptées à un large éventail d’application courantes et spécialisées. Si les scripts de notre bibliothèque ou les scripts livrés avec le logiciel Spike2 ne répondent pas à vos besoins, n’hésitez pas à nous contacter pour en discuter

Spike2 version 6

Spike2 évolue depuis de nombreuses années, anticipant les besoins des chercheurs et s’adaptant constamment aux demandes des utilisateurs. La version 6 intègre de nombreuses fonctionnalités nouvelles et améliorées, un développement continu étant prévu pour cette version. Ces mises à niveau seront gratuitement disponibles pour les utilisateurs inscrits de la version 6. Les fichiers créés par des versions antérieures restent entièrement compatibles.

Les nouvelles fonctionnalités de la version 6 incluent :

Nouvel éditeur de script, offrant des options telles que le code folding, l’auto-formatage, la saisie semi-automatique et les call tips
Sonogrammes colorés utilisant des échelles de couleurs préréglées et définies par l’utilisateur
Filtrage IIR interactif et améliorations apportées au dialogue de filtrage FIR
Le langage de script supporte désormais les tableaux comportant jusqu’à 5 dimensions
Fonctions de canal virtuel supplémentaires, notamment :

Interpolation des données échantillonnées de manière non uniforme sur le format de forme d’onde
Conversion de fréquence instantanée en forme d’onde
Rectification à une seule alternance
Génération de formes d’onde : sinusoïdale, carré, triangle, dent de scie, enveloppe
Trigonométrie : sin, cos, tan, arc tan, cube
Création interactive d’expressions à partir de menus déroulants

Option de tracé de densité dans les vues de grappe
Identification visuelle de pointes mises en grappes au sein d’une période réfractaire spécifiée
Impression de pages unifiée, avec en-tête, notes de bas de page et polices définies par l’utilisateur

Spike2 version 6 réclame un CED Power1401, Micro1401 ou 1401plus une interface de laboratoire intelligente et un PC avec Windows 98SE, Me, Windows 2000 ou XP. Nous recommandons que le PC possède une RAM de 512Mo minimum.