Spike2 est le système d’acquisition de données préféré de milliers de chercheurs dans le monde. Qu’il s’agisse d’une simple capture de données ou d’un système complet de contrôle expérimental, d’enregistrement et d’analyse, Spike2 offre de nombreux avantages par rapport aux autres systèmes d’acquisition de données.
Spike2 intègre des fonctionnalités d’enregistrement et d’analyse adaptées à un large éventail d’applications de recherche, sans nécessiter l’achat de modules complémentaires pour la prise en charge de tâches spécifiques
Spike2 offre la puissance et la flexibilité exigées par les applications exigeantes pour lesquelles des équipements plus spécialisés sont normalement indispensables, par exemple l’enregistrement par multi-électrode extracellulaire ou la synchronisation et la génération de stimuli complexes.
Spike2 est doté des fonctionnalités d’échantillonnage et d’analyse requises par la majorité des chercheurs. Ce logiciel inclut par ailleurs un langage de script intégré dont la flexibilité va largement au-delà de ce que proposent la majorité des produits concurrents, permettant notamment d’automatiser les tâches répétitives, et proposant de nombreux autres outils aux chercheurs qui préfèrent écrire leurs propres applications.
Spike2 est capable d’importer des données enregistrées par de nombreux autres systèmes ; vous pouvez donc mettre à profit ce logiciel extrêmement versatile pour analyser vos données existantes.
Spike2 est capable d’exporter des données sous forme de feuilles de calcul, ainsi qu’en fichiers texte, binaires et Matlab.
La puissance et la rapidité de ses fonctions de capture et d’analyse des données font de Spike2, associé aux interfaces de laboratoire de la famille CED 1401, une addition extrêmement précieuse et rentable pour tout laboratoire
Fonctionnalités
Naviguez parmi vos données de manière simple et rapide avec l’interface utilisateur intuitive; zoomez et déplacez par glissement avec votre souris ou votre clavier
Enregistrez des types de données multiples, notamment les formes d’onde, les temps d’événement, les marqueurs codés, et les données de pointe discriminées à unité simple ou multiple en temps réel
Générez des protocoles simples ou complexes de sorties de forme d’onde et d’impulsion
Détectez manuellement ou automatiquement les caractéristiques et effectuez des mesures sur la base de données déclenchées et cycliques telles que les signaux cardiovasculaires
Analysez des canaux multiples de données de forme d’onde et d’événement, en ligne comme hors ligne
Traitez vos données au moyen de fonctions telles que : filtrage, rectification, interpolation et arithmétique inter-canal
Affichez et exportez des images comme vous le souhaitez grâce à des options d’affichage très versatiles, avec notamment : actualisation déclenchée, avec tracé superposé et affichage 3D en option, et duplication des fenêtres avec paramètres d’affichage indépendants
Enregistrez de très grands nombres de canaux en synchronisant plusieurs CED 1401 sur une unité 1401 maître
Personnalisez le programme grâce au langage de script intégré, dont les possibilités de contrôle vont de la simple automatisation à l’ajout de fonctions d’analyse extrêmement complexes
Lisez les fichiers de données, avec sortie simultanée des données de forme d’onde via les CNA du 1401 ou la carte son de votre ordinateur
Enregistrement ECG avec détection automatisée des pics d’onde R et des caractéristiques de pression artérielle, et tracé de la PA moyenne
Discrimination de pointe multi-canal en ligne, avec affichage du suivi des pointes
Mesure automatisée de l’amplitude et de la latence des pointes de population, avec superposition du tracé 3D
Acquisition au moyen d’un CED1401
Définissez des fréquences d’échantillonnage d’onde de forme différentes pour chaque canal
Enregistrez des fichiers de données de grande taille, jusqu’à 1 To
Capturez et classez l’activité de pointe d’une ou plusieurs unités en temps réel
Modes d’enregistrement : continu, programmé et déclenché
Enregistrez des données multimédia (son et vidéo), synchronisées sur les données Spike2
Sauvegardez jusqu’à 8 canaux de données d’événement, avec une résolution temporelle réglable à la microseconde près
Tenez un journal des entrées numériques 8 bits avec un code temporel d’une grande précision
Annotez les enregistrements de données avec du texte et des marqueurs clavier
Passez rapidement d’une configuration expérimentale à l’autre au moyen d’un simple clic de souris
Etalonnez les formes d’onde avec plusieurs méthodes au choix, notamment : valeurs, aires, pentes
Sauvegardez et séquencez automatiquement des fichiers multiples avec option de déclenchement par gâchette
Récupérez vos fichiers de données en cas d’arrêt système non commandé
Configurez des amplificateurs dynamiquement programmables, notamment le préamplificateur isolé à faible bruit CED 1902
Paramétrage du canal dans la configuration d’échantillonnage
Contrôle expérimental et séquencement de stimuli
Le séquenceur de sortie Spike2 peut effectuer un contrôle expérimental complexe et des protocoles de séquencement de stimuli pendant la capture de données, ceci en utilisant jusqu’à 16 sorties TTL et 8 sorties de forme d’onde. La synchronisation est très précise, étant contrôlée au niveau de l’interface CED 1401, et non pas de l’ordinateur hôte.
Les protocoles de sortie peuvent être définis de deux manières. Un éditeur graphique fournit toutes les fonctionnalités requises par la majorité des utilisateurs, leur permettant de créer des ensembles multiples de sorties d’impulsion, notamment impulsions carrées, ondes sinusoïdales et rampes, ainsi que des formes d’onde préenregistrées ou définies par l’utilisateur. Pour les applications plus exigeantes, un éditeur de texte est disponible et vous permet d’éditer directement les étapes du séquenceur. Ceci permet de contrôler la séquence de façon interactive par l’intermédiaire du langage de script et grâce à l’utilisation de variables et tableaux.
L'accès en temps réel du séquenceur aux données d'événements et de forme d'onde reçues assure des réponses très rapides aux changements de niveau de forme d’onde et aux détections d’événements.
Configuration des sorties de forme d’onde et numériques au moyen de l’éditeur de séquence graphique
Détection et classement de pointes
Spike2 identifie et classe l’activité de pointe d’une ou plusieurs unités, ceci en ligne comme hors ligne. Il peut marquer des événements à l’aide de franchissements de seuil simples ou classer jusqu’à 32 canaux en ligne, avec reconnaissance de gabarits de forme de pointe d’ondes complètes par système d’appariement concordance matricielle pour les données à trace unique et n-trode data.
Pour les enregistrements à unités multiples, Spike2 intègre des outils permettent de classer les pointes selon leurs formes. Tous les événements franchissant un seuil donné sont capturés. Les pointes sont ensuite classées en différents groupes, en associant les techniques de concordance matricielle et la découpe en grappes, basée sur l’analyse en composantes principales ou sur des mesures, corrélations ou erreurs définies par l’utilisateur. Les pointes peuvent également être triées de façon interactive en traçant simplement une ligne et en plaçant dans une certaine catégorie les pointes étant traversées par celle-ci. L’analyse de collision de pointes permet par ailleurs de séparer des collisions d’unités en comparant la forme de la pointe en cours avec des paires de modèles (ou gabarits) existants.
Les méthodes de découpe de grappes permettent de représenter les valeurs mesurées en une vue 3D ; il est ainsi possible de les visionner en rotation tridimensionnelle et de les relire de manière à suivre l’évolution des pointes dans le temps. Les grappes sont formées par des algorithmes automatiques ou par placement manuel d’ellipses. Les fonctionnalités interactives incluent les INTH pour les classes de grappe en cours, le suivi dans le temps, et la sélection de pointes individuelles par clic de souris sur leur point au sein de la grappe.
Discrimination de pointes à unités multiples au moyen d’une mise en grappe par analyse en composantes principales
Affichage
Visionnez simultanément des fichiers multiples, ceci même en cours d’échantillonnage
Naviguez au sein des fichiers de données grâce à des panoramiques et zooms simplement effectués avec la souris, à des déplacements d’axe par glissement, à une barre de défilement et à un contrôle clavier
Affichez les événements, pointes et marqueurs en tant que temps, taux et fréquences moyennes et instantanées; les pointes discriminées peuvent être surtracées
Utilisez des canaux dupliqués pour afficher les données de différentes manières et montrer les marqueurs sélectionnés et les pointes discriminées de façon séparée afin d’établir des analyses croisées
Superposez des balayages déclenchés multiples (avec affichage 3D en option)
Dessinez des formes d’onde avec, en option, une interpolation linéaire et par splines cubiques, ou bien encore sous forme de sonogrammes avec des échelles de couleurs prédéfinies ou définies par l’utilisateur
Dessinez des données de type marqueur en mode State pour le marquage conditionnel. Les canaux Textmark (notes textuelles) peuvent également afficher le texte sauvegardé dans l’aire de canal
Option de marqueur vertical permettant d’étendre la vue à l’ensemble des données
Définissez des couleurs indépendantes pour les données et le fond de chaque canal
Organisez l’espace et l’ordre verticaux des canaux affichés, avec notamment une option permettant de superposer des canaux multiples
Option d’affichage selon des axes logarithmiques pour les vues de résultat et XY
Etendez votre zone d’affichage grâce à un support multi-moniteur intégré
Analyse de fréquence, avec tracé de sonogramme de forme d’onde et spectre de puissance calculé avec axes log
Traitement et analyse
Les analyses de forme d’onde incluent : calcul de moyenne, spectres de puissance et corrélations de formes d’onde
Les analyse d’événement incluent : INTH, PSTH, auto-corrélations, corrélations croisées et histogrammes de phase
Trouvez automatiquement des caractéristiques de données, notamment les déclencheurs et caractéristiques pour les activités évoquées et spontanées, ainsi que les données cycliques au moyen de curseurs actifs
Générez des tracés XY et des canaux de mesure dans les fichiers de données, ainsi que des tableaux de valeurs de sortie basés sur la détection de caractéristiques par curseur
Effectuez des mesures absolues et relatives de positions et valeurs de données, ainsi que des mesures statistiques inter-curseur, avec jusqu’à 10 curseurs actifs par vue à votre disposition
Effectuez rapidement des mesures de durée et d’amplitude par simple glissement de votre souris
Dérivez des ‘’ canaux virtuels ’’ à partir de canaux de forme d’onde et d’événement existants, définis par des expressions fournies par l’utilisateur (arithmétique de canal). Les options incluent des fonctions mathématiques et des opérateurs de comparaison
Générez des fonctions dans des ‘’ canaux virtuels ‘’, notamment : ondes sinusoïdales, carrées et triangulaires, enveloppes et fonctions polynomiales
Traitez les formes d’onde de façon dynamique, en ligne comme hors ligne. Les traitements incluent : rectification, lissage, DC remove, re-échantillonnage, filtre médian et amplitude RMS
Créez des canaux temporaires modifiables contenant des données copiées ou dérivées
Filtrez numériquement les formes d’onde (FIR et IIR) avec la conception de filtre interactive
Lissez vos données de façon interactive avec, entre autres, des fonctions exponentielle, gaussienne, polynomiale, sinusoïdale et sigmoïde
Automatisez les analyses répétitives, à échelons multiples et personnalisées grâce au langage de script
Filtre IIR en T ponté interactif appliqué pour réduire les artéfacts liés à l’alimentation électrique
Analyse de corrélation croisée sur des unités multiples, générée par un script
Langage de script
Des parfaits débutants aux programmeurs les plus expérimentés, tout le monde peut bénéficier du langage de script intégré de Spike2. Rien qu’une simple automatisation de tâches répétitives avec des paramètres connus peut faire gagner des heures, voire des jours, d’analyse laborieuse. Les applications avancées incluent la mise en place d’un contrôle expérimental complet, avec application en ligne d’algorithmes originaux sur les données échantillonnées en temps réel.
Non seulement le langage de script relie entre elles les fonctionnalités de Spike2, mais il vous permet en plus de générer votre propre interface et de concevoir vos algorithmes. Une fonction simple de macro enregistrement fournit un point de départ très pratique pour les nouveaux scripts. Le langage de script inclut également des outils de manipulation de données tels que les tableaux multidimensionnels et les fonctions matricielles.
CED gère une bibliothèque de scripts adaptées à un large éventail d’application courantes et spécialisées. Si les scripts livrés avec le logiciel Spike2 et téléchargeables depuis le site CED ne répondent pas à vos besoins, n’hésitez pas à nous contacter pour en discuter.
Analyse et classification des stades du sommeil, générées par un script
Spike2 version 7
Nous avons fait tout notre possible pour assurer la compatibilité de la version 7 de Spike2 avec la version 6. Elle peut lire les fichiers de données issues de toutes les versions antérieures. La majorité des fichiers de ressources sont compatibles ; certains formats de ressources ont toutefois été modifiés afin d’accommoder les nouvelles fonctionnalités. Les scripts qui fonctionnaient avec la version 6 fonctionneront normalement sans problème avec la version 7
Les nouvelles fonctionnalités de la version 7 incluent :
La taille des fichiers de données peut désormais (optionnellement) être étendue à 1 To (au lieu de 2 Go auparavant). Cela implique un changement de format de fichier : ces fichiers seront en lecture seulement dans la version 6 et ne seront pas reconnus par les versions antérieures. Il existe une nouvelle version de l’application SonFix qui reconnaît les fichiers de grande taille.
Lors d’une exportation, vous avez le choix entre utiliser le format de fichier ‘’grande taille’’ ou conserver l’ancien format, associé à une taille maximale de 2 Go.
Vous pouvez tracer des données d’événement et de marqueur sous forme de Vertical Markers (marqueurs verticaux) sur l’ensemble des canaux, afin de signaler des caractéristiques intéressantes. Ils peuvent être utilisés comme s’il s’agissait de curseurs verticaux fixes.
Les données TextMark peuvent être tracées sous forme de Vertical Markers (marqueurs verticaux), le texte étant affiché verticalement.
Lorsque vous ouvrez un fichier de grande taille, il est désormais beaucoup plus rapide de sauter directement vers le milieu du fichier.
Le séquenceur de sortie a été mis à niveau de façon à prendre en charge les séquences comportant jusqu’à 8192 instructions (au lieu de 1023 auparavant) et peut désormais utiliser jusqu’à 256 variables (au lieu de 64).
Le séquenceur de sortie reconnaît désormais les valeurs constantes et vous pouvez désormais inclure (#include)les fichiers dans le séquenceur de sortie.
Le séquenceur de sortie intègre de nouvelles instructions et améliorations portant sur le texte affiché en cours d’échantillonnage.
Vous pouvez passer sur une séquence de sortie différente tout en échantillonnant des données.
La configuration d’échantillonnage en cours peut être copiée sur le presse-papier ou dans une fenêtre Log.
Le dialogue de configuration d’échantillonnage est désormais redimensionnable et supporte ainsi les longues listes de canaux.
La barre Sample Status affiche désormais le pourcentage de durée d’échantillonnage et de mémoire encore disponibles.
La langage de script peut désormais redimensionner les tableaux.
Vous pouvez sortir des boucles de script en employant les mots-clé break et continue.
Vous pouvez initialiser les variables dans les instructions var au moyen d’expressions non constantes.
Les vues de texte peuvent comporter des numéros de ligne et vous pouvez limiter le nombre de lignes dans une vue.
La nouvelle commande de script LinPred() peut être utilisée pour la prédiction des données.
Les canaux virtuels reconnaissent désormais les opérateurs de comparaison et les fonctions Min() et Max().
Journées de formation Spike2
Configuration requise
Spike2 version 7 nécessite une interface de laboratoire intelligente CED Micro1401, Power1401 ou 1401plus, ainsi qu’un PC utilisant Windows NT 2000, Windows XP, Windows Vista ou Windows 7, ou un Macintosh Intel sous Windows. Nous recommandons une RAM minimum de 2 Go pour le PC.
