Spike2 jest systemem pobierania danych, który został wybrany przez tysiące naukowców na całym świecie. Wykryj cechy ręcznie lub automatycznie, a następnie wykonaj pomiary opierające się o wyzwolone i cykliczne dane takie jak sygnały sercowo-naczyniowe.
Spike2 posiada funkcje rejestracji i analiz dopasowane do szerokiego spektrum zastosowań badawczych. Nie jest konieczne dokupowanie dodatkowych modułów przeznaczonych do specyficznych zadań.
Spike2 jest łatwym w użyciu, ogólnego zastosowania pakietem do pobierania i analizy danych. Nie musisz eksportować danych do innego programu w celu ich analizy, czy też kupować dodatkowych modułów do specjalnych zadań.
Spike2 posiada właściwości próbkowani i analizy jakich wymaga większość badaczy. Posiada wbudowany język skryptowy, dający elastyczność znacznie wykraczającą poza to co jest dostępne w alternatywnych produktach. Język ten umożliwia automatyzację powtarzających się zadań i udostępnia dodatkowe narzędzia, dla tych badaczy, którzy preferują pisanie własnych aplikacji.
Spike2 może importować dane zapisane przez wiele innych systemów, tak więc możesz wykorzystać to niezwykle wszechstronne oprogramowanie by analizować już istniejące dane.
Spike2 może eksportować dane do arkuszy kalkulacyjnych, plików tekstowych i binarnych, oraz plików Matlab.
Potężne zdolności rejestrowania danych i dające dużą oszczędność czasu, znajdujące się w Spike2 funkcje analiz, w połączeniu z jednym z interfejsów należących do rodziny CED 1401, stanowią ogromnie cenny i opłacalny dodatek do każdego laboratorium.
Właściwości
Przeglądaj swoje dane szybko i łatwo używając intuicyjnego interfejsu użytkownika; zoom i przewijanie przy pomocy myszki lub klawiatury
Rejestruj w czasie rzeczywistym różne typy danych, w tym sygnały falowe, czasy zdarzeń, zakodowane znaczniki i dane po separacji spajków (single lub multi-unit)
Generuj proste i złożone protokoły wyjść falowych lub pulsów
Ręcznie lub automatycznie wykrywaj cechy i wykonuj pomiary w oparciu o wyzwalane lub cykliczne dane
Dokonuj analizy wielu kanałów falowych i zdarzeń w trybie on-line i off-line
Przetwarzaj dane przy pomocy funkcji, w tym: filtracji, rektyfikacji, interpolacji i arytmetyki międzykanałowej
Wyświetlaj i eksportuj obrazy, tak jak tego chcesz, przy pomocy wszechstronnych opcji, w tym: wyzwalane uaktualnianie z opcją nakładania i wyświetlania 3D oraz zduplikowane okna z niezależnymi parametrami wyświetlania
Rejestruj bardzo duże liczby kanałów poprzez synchronizację kilku interfejsów CED 1401 z główną jednostką 1401
Dostosuj program przy pomocy wbudowanego języka skryptów, który umożliwia kontrolę zarówno prostej automatyzacji jaki i dodatkowych, złożonych funkcji analitycznych.
Odtwarzaj pliki danych z jednoczesnym generowaniem wyjścia falowego poprzez 1401 DAC lub kartę dźwiękową komputera
Zapis EKG wraz ze zautomatyzowaną detekcją pików fali R i cech Ciśnienia Krwi, oraz wykreślanie średnich
Wielokanałowa detekcja spajków on-line, z podglądem 'spike monitor'
Automatyczny pomiar amplitudy i latencji zbiorczych potencjałów czynnościowych, z nakładanym wyświetlaniem w 3D
Pobieranie danych przy pomocy CED1401
Ustaw różne tempo próbkowania na kanałach
Rejestruj duże pliki danych, nawet do 1TB
Pobieranie i klasyfikacja aktywności jedno- i wielospajkowej w czasie rzeczywistym
Ciągły, wewnętrznie synchronizowany i wyzwalany tryb rejestracji
Rejestruj multimedialnie obraz i dźwięk zsynchronizowany z danymi Spike2
Zapisuj do 8-u kanałów zdarzeń z mikrosekundową rozdzielczością czasową
Rejestruj z precyzyjnym znacznikiem czasu 8-bitowe wejścia cyfrowe
Wprowadzaj adnotacje do danych przy pomocy notatek tekstowych i znaczników klawiaturowych
Szybko, jednym kliknięciem myszki, przełączaj konfiguracje eksperymentalne
Kalibruj dane falowe przy pomocy wielu metod w tym: wartości, obszarów i nachyleń
Automatycznie zapisuj i sekwencjonuj liczne pliki z możliwą wyzwolenia startu
Odzyzkuj pliki danych po niezamierzonym wyłączeniu systemu
Dynamicznie konfiguruj programowane wzmacniacze, w tym niskoszumowy, izolowany przedwzmacniacz CED1902
Ustawienia kanałów w konfiguracji próbkowania
Kontrola eksperymentu i sekwencjonowanie bodźców
Wyjściowy sekwencer Spike2, przy pomocy 16 wyjść TTL i 8 wyjść falowych, może prowadzić złożoną kontrolę eksperymentu i generować złożone protokoły uporządkowanych stymulacji, podczas pobierania danych. Uporządkowanie czasowe jest bardzo precyzyjne bo jest kontrolowane przez interfejs CED 1401, a nie komputer.
Protokoły wyjścia mogą być ustawiane na dwa sposoby. Edytor graficzny dostarcza wszystkich funkcji jakich potrzebuje większość użytkowników, pozwalając tworzyć liczne zestawy impulsów wyjściowych, w tym: pulsy kwadratowe, sinusoidy, bodźce narastające, zarejestrowane wcześniej lub zdefiniowane przez użytkownika fale. Dla bardziej wymagających zastosowań dostępny jest edytor tekstowy, w którym można bezpośrednio edytować kroki sekwencera. To umożliwia interaktywną kontrolę sekwencji poprzez język skryptowy i jego zmienne oraz tabele.
Sekwencer ma również dostęp, w czasie rzeczywistym, do rejestrowanych przebiegów falowych i zdarzeń, co umożliwia bardzo szybkie reakcje na zmiany w poziomie przebiegu falowego lub wykrycie zdarzenia.
Ustawianie falowego i cyfrowego wyjścia przy pomocy graficznego edytora sekwencji
Separacja aktywności wielokomórkowej przy użyciu analizy skupisk PCA
Wykrywanie i separacja spajków
Spike2 identyfikuje i separuje jedno i wielokomórkową aktywność zarówno on-line jak i off-line. Może zaznaczać zdarzenia opierając się na prostym przekroczeniu progu lub też sortować on-line, do 32 kanałów, opierając się na dopasowaniu do matrycy całej fali spajka. Może to robić zarówno dla pojedynczego przebiegu jaki i dla danych z n-trody.
W przypadku rejestracji aktywności wielu komórek, Spike 2 zawiera narzędzie do sortowania spajków w oparciu o przebieg jego fali. Wszystkie zdarzenia przekroczenia progu są wychwytywane. Kombinacja dopasowywania do matrycy z analizą zgrupowań cech uzyskanych w toku Principal Component Analysis (PCA), lub zdefiniowanych przez użytkownika korelacji lub błędów, jest wykorzystywana w celu odseparowania poszczególnych spajków. Spajki mogą być również grupowane interaktywnie, poprzez proste nakreślenie linii przechodzącej przez nałożone spajki i klasyfikowanie każdego, który przecina tą linię. Analiza Kolizji Spajków może odseparować kolizje jednostek poprzez porównanie aktualnego kształtu spajka z parami istniejących matryc.
Metoda analizy skupisk rysuje zmierzone wartości na wykresie 3D, który może być obracany i odtwarzany by ukazać spajki pojawiające się w miarę upływu czasu. Skupiska mogą być wykrywane automatycznie przez algorytmy, bądź też ręcznie, przez obrysowanie elipsą. Właściwości interaktywne obejmują tworzenie INTH dla aktualnych klas skupisk, śledzenie w miarę upływu czasu i selekcję pojedynczego spajka przez kliknięcie jego kropki w skupisku.
Analiza częstotliwości pokazująca sonogram sygnału falowego i obliczone widmo mocy z osiami logarytmicznymi
Wyświetlanie
Przeglądaj kilka plików jednocześnie, nawet podczas próbkowania
Przeglądaj pliki z danymi przy pomocy prostego przesuwania i zoomowania myszką, przesuwania osi, paska przewijani i klawiatury
Wyświetl zdarzenia, spajki i znaczniki jako czasy, poziomy, średnie i chwilowe częstotliwości; odseparowane spajki mogą być nakładane na siebie - Obejrzyj pokaz video
Użyj zduplikowanych kanałów by wyświetlać dane w różny sposób i osobno pokazać wybrane znaczniki oraz odseparowane spajki przeznaczone do analizy krzyżowej
Nałóż na siebie wiele wyzwolonych przebiegów i opcjonalnie wyświetl je w 3D
Rysuj fale z opcjonalną liniową lub sześcienną interpolacją lub jako sonogramy z predefiniowaną lub ustawioną przez użytkownika, skalą kolorów
Rysuj dane znacznikowe w trybie State by zaznaczać warunki. Kanały Textmark (notatki tekstowe) mogą również wyświetlać zapisany tekst na obszarze kanału - Obejrzyj pokaz video
Opcja pionowego znacznika rozciągającego się na cały podgląd danych
Ustaw, niezależnie, kolory dla każdego kanału danych i jego tła
Zaaranżuj pionowy rozkład i kolejność wyświetlanych kanałów, wykorzystując również możliwość nakładania wielu kanałów
Opcja osi logarytmicznych w podglądzie wyników i XY
Rozszerz swój obszar wyświetlania wykorzystując wbudowaną obsługę wielu monitorów
Interaktywny filtr sieciowy IIR zastosowany do zredukowania artefaktów zasilania
Sterowana skryptem analiza korelacji wzajemnych w aktywności wielokomórkowej
Przetwarzanie i Analiza
Analiza przebiegów falowych, w tym: uśrednianie, spektrum mocy i wzajemne korelacje krzywych
Analiza zdarzeń, w tym: INTH, PSTH, auto i wzajemne korelacje
Automatyczne wyszukiwanie, przy pomocy aktywnych kursorów, cech danych, wyzwalaczy i cech potencjałów wywołanych, spontanicznej aktywności i danych cyklicznych - Obejrzyj pokaz video
Generuj wykresy XY i kanały pomiarowe w plikach danych i wynikowe tabele wartości opierające się na wykrywaniu cech przy pomocy kursorów
Wykonaj względne i bezwzględne pomiary pozycji, wartości danych i pomiary statystyczne między kursorami, nawet z 10-cioma aktywnymi kursorami w każdym widoku
Szybko dokonuj pomiarów czasu i amplitudy poprzez proste przesuwanie wskaźnika myszki
Wyprowadź “kanały wirtualne” z istniejących przebiegów falowych i kanałów zdarzeń poprzez definiowane przez użytkownika wyrażenia (arytmetyka na kanałach). Opcje zawierają funkcje matematyczne i operatory porównań
Generuj funkcje w ‘kanałach wirtualnych‘, w tym sinusoidy, fale kwadratowe, trójkątne, obwiednie i funkcje wielomianowe
Twórz edytowalne kanały tymczasowe, zwierające skopiowane dane lub ich pochodne
Cyfrowo filtruj przebiegi falowe (FIR i IIR) przy użyciu interaktywnego komponowani filtracji
Interaktywnie dopasuj do danych funkcje, w tym: eksponencjalne, Gaussowskie, wielomiany, sinusoidy i sigmoidy
Przy pomocy języka skryptowego zautomatyzuj powtarzające się, wielokrokowe i wyspecjalizowane analizy
Obsługiwana skryptem klasyfikacja i analiza faz snu
Język skryptowy
Każdy może skorzystać na wbudowanym w Spike2 języku skryptowym, zarówno całkowicie początkujący jak i doświadczony programista. Nawet prosta automatyzacja lub powtarzanie zadań przy znanych parametrach może zaoszczędzić godzin lub nawet dni żmudnej analizy. Zaawansowane zastosowania obejmują pełną kontrolę eksperymentu z zastosowaniem, on-line, oryginalnych algorytmów do danych próbkowanych w czasie rzeczywistym.
Język skryptowy nie tyko łączy właściwości Spike2 ale umożliwia tworzenie własnego interfejsu i projektowanie algorytmów. Istnieje prosta funkcja rejestrująca makra, dająca punkt startowy dla nowych skryptów. Język skryptowy zawiera również narzędzia do wkonywania manipulacji na danych, takie jak wielowymiarowe matryce i funkcje macierzowe.
CED posiada kolekcję skryptów dla szerokiego zakresu powszechnych i wyspecjalizowanych zastosowań. Jeżeli skrypty zawarte w oprogramowaniu Spike2 i dostępne na stronie CED nie spełniają twoich oczekiwań, skontaktuj się z nami, a przedyskutujemy twoje potrzeby.
Dni szkoleniowe dla użytkowników Spike2
Spike2 wersja 7
Bardzo staraliśmy się, aby wersja 7 programu Spike2 była kompatybilna z wersją 6. Wczytuje ona pliki danych z wszystkich poprzednich wersji programu. Pliki zasobów w większości przypadków są kompatybilne; format niektórych zasobów uległ zmianie, aby obsłużyć nowe właściwości programu. Skrypty działające z wersją 6 powinny, bez modyfikacji, pracować z wersją 7.
Nowe właściwości wersji 7 to:
Rozmiar pliku danych może być opcjonalnie rozszerzony do 1 TB (było 2 GB). Jest to zmiana formatu plików i w wersji 6 będą one plikami tylko do odczytu, a we wcześniejszych wersjach odczyt będzie niemożliwy.
Obecna jest nowa wersja aplikacji SonFix, która rozpoznaje duże pliki.
Podczas eksportowania można wybrać używanie formatu dużych plików albo poprzedniego format z limitem 2 GB.
Dane o zdarzeniach i znaczniki można wykreślać w postaci Vertical Markers w poprzek wszystkich kanałów, aby zaznaczyć interesujące punkty.
Może to być użyte jako kursory pionowe o stałej pozycji.
Dane typu TextMark mogą być wyświetlane w postaci Vertical Markers z tekstem wyświetlanym pionowo.
Po otwarciu dużego pliku, przeskoczenie do jego środka jest dużo szybsze.
Uaktualniono sekwencer wyjścia tak, by obsługiwał sekwencje składające się nawet z 8192 instrukcji (było 1023) i mógł teraz używać nawet 256 zmiennych (było 64).
Sekwencer wyjścia obsługuje ustawianie stałych wartości i akceptuje teraz polecenie #include dołączające pliki do sekwencera wyjścia.
Sekwencer wyjścia posiada teraz nowe instrukcje i rozszerzenia dotyczące tekstu wyświetlanego podczas próbkowania.
Podczas próbkowania danych można przełączyć się na inną sekwencję wyjściową.
Aktualna konfiguracja próbkowania może zostać skopiowana do notatnika systemowego lub Logu.
Można teraz zmieniać rozmiar okna dialogowego konfiguracji próbkowania tak, by poradzić sobie z długimi listami kanałów.
Pasek Sample Status teraz pokazuje ile pozostało procent czasu próbkowania i miejsca na dysku, zanim próbkowanie zostanie zatrzymane.
Język skryptowy może teraz zmieniać rozmiary macierzy.
Można przerwać pętlę skryptu przy pomocy słów kluczowych break i continue.
Można inicjować zmienne wyrażeniami var przy pomocy niestałych wartości.
Podglądy tekstowe mogą posiadać numery linii i możliwe jest ograniczenie liczby linii w podglądzie.
Nowa komenda skryptowa LinPred() może być użyta do przewidywania danych.
Virtual channels teraz obsługują operatory porównań i nowe funkcje Min() i Max().
Spike2 wersja 7 wymaga inteligentnego interfejsu laboratoryjnego CED Micro1401, Power1401 lub 1401plus oraz komputera PC z systemem operacyjnym Windows NT 2000, Windows XP, Windows Vista lub Windows 7 albo komputera Macintosh z działającym Windows. Zalecana minimalna wielkość pamięci RAM wynosi 2GB.